После трагических событий прошлого сезона команда оказывается перед невозможной задачей: жить и бороться дальше без своего лидера. Казалось бы, мир спасён, но покой длится недолго. Таинственные аномалии в космосе и на Земле указывают на новую, куда более изощрённую угрозу, способную переписать саму ткань реальности.
Мэй, Йо-Йо, Симуc и остальные вынуждены заново выстраивать иерархию, когда старые раны ещё не затянулись, а вера в идеалы организации подвергается испытанию. Маку приходится принять на себя бремя руководства, Дейзи ищет свой путь между бунтарством и ответственностью, а Фитц и Джемма разделены пространством и временем в отчаянной попытке вновь воссоединиться.
Тем временем на сцене появляется таинственный двойник человека, которого все считали потерянным навсегда. Его намерения окутаны мраком, а происхождение связано с космическими силами и древними врагами. Шестой сезон превращает каждую миссию в гонку с неизбежностью, где герои сталкиваются с вопросами, что страшнее: конец света или полная утрата себя.
